88년 13대 대선에 뒤이은 13대 총선에서 그는 또 한번 비운을 겪었습니다. 사실상 김총재가 이끄는통일민주당이 정당 지지율 2위를 획득했음에도 불구하고 의석수에서 뒤져 제1야당의 자리를 평민당에 내주어야 했던 것입니다.

그러나 13대 총선을 통해 정국은 여소야대로 전환되는 새로운 상황을 맞이하였습니다. 민주세력과 국민여론은 다시 고무되기 시작 하였습니다. 마침내 5공화국에 대한 청문회가 시작되었습니다. 그 동안 권력의 비호 속에서 부패와 전횡을 일삼던 인물들이 낱낱이 공개되었습니다 . 결국 전두환 전 대통령이 국민 앞에 사과문을 발표하고 백담사로 향하였습니다.

한편 이렇게 국내에서 5공청산이 진행되고 있던 와중에 세계는 역사적인 대전환의 시기를 맞이하고 있었습니다.

소련의 페레스트로이카로부터 시작된 공산권의 개혁 개방의 파고는 마침내 동구권에도 민주화의 바람을 일으키기 시작하였습니다. 반세기 동안 세계를 지배해 왔던 냉전 체제가 무너지기 시작한 것이었습니다.

이러한 변화는 국내 정치에도 큰 영향을 미칠 것이 분명하였습니다. 집권 세력의 전통적인 통치 무기였던 안보이데올로기의 효과는 크게 약화될 수밖에 없었습니다. 야당도 민주화 투쟁의 구호만으로 국민들을 결집시킬 수는 없는 상황이었습니다. 공산권의 연쇄적 붕괴는 우리도 통일에 대비한 여건을 조성할 필요가 있음을 절감하게 하였습니다.

민주주의를 위해 반평생을 바친 그에게 자신의 생애를 건 일대 결단의 시기가 다가오고 있었습니다.
민주화를 위한 투사로서의 역할을 끝낸 그에게 조국은 새로운 역할을 요구하고 있었던 것입니다.

1990년 1월 22일. 그는 당시 여당인 민정당의 노태우 총재, 공화당의 김종필 총재와 함께 '급변하는 대외정세에 능동적으로 대처하며 정치 안정 속에 민주, 번영, 통일을 이루기 위한 구국의 결단'을 내걸고 3당 합당을 단행, 민주자유당을 창당하였습니다.

그에 대한 비난과 찬사가 엇갈렸습니다. 정치적 경쟁자들은 3당 합당을 그의 정치적 변절로까지 몰아붙였습니다. 그러나 그의 3당합당 결정은 세계적 격변과 변화된 내외정세에 대응하기 위한 불가피한 선택이었습니다.

그는 민자당 대표 최고위원으로 선임돼 김종필, 박태준 최고위원과 함께 민자당을 이끌어 나갔습니다.
그러나 이질적인 3당이 모인만큼 단일정당으로 완전한 결합을 이루기는 쉽지 않았습니다.

차기 대권구도와 직결된 내각제 개헌문제로 충돌이 표면화되었습니다. 민정, 공화계측은 내각제 개헌을 추진하려 했고, 그를 중심으로 한 민주계측은 직선제를 주장하였습니다.

갈등이 절정에 이른 것은 90년 10월의 이른바 내각제 각서 파동에서였습니다. 민자당 창당 전당대회 직전에 김영삼, 노태우, 김종필 이렇게 세사람간에 합의 서명했다는 각서가 반대파에 의해 의도적으로 공개되었습니다.

그는 궁지에 몰렸습니다. 그러나 내각제 개헌문제는 어떤 제도가 더 좋은 제도인가의 문제가 아니었습니다. 내각제 개헌론에는 그에게 차기 대권을 넘기지 않으려는 기존 집권 세력의 아집과 권력 연장의 의도가 담겨 있었습니다.

그는 '어떤 정치적 약속이 있었다고 해도 국민의 뜻보다 우선할 수 없다'고 선언하고 결국 '국민이 반대하는 개헌은 않겠다'는 노.김 합의를 이끌어 냈습니다.

하지만 갈등이 끝난 것은 아니었습니다. 여전히 여건이 그에게 불리하게 돌아가고 있었습니다. 민자당 창당 이후, 그에겐 고난이 끊이지 않았습니다.